中法工程师学院实行联合管理委员会领导下的院长负责制,学院联合管理委员会由中国南京理工大学、法国梅斯国立工程师学院相关负责人组成。南京理工大学副校长廖文和教授兼任学院院长,杨森教授任学院常务副院长,王浩平教授任学院中方副院长,Alain Carmasol教授任学院法方副院长。学院联合管理委员会负责研究学院发展计划、学科建设等重大事项,参与学院管理,协调解决学院发展中的新问题,对学院建设中各项工作的全面推进提供有力的支持和保障。